Türk-İslâm tarihi, kültürü ve medeniyetinin doğru ve bilimsel bir tarzda öğrenilmesini ve tanıtılmasını amaçlayan İSAM, bu amaca yönelik olarak ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma projelerini desteklemekte ve üretilen bilginin daha geniş kitlelere ulaştırılması için ansiklopedi, dergi ve kitaplar yayımlamakta, sempozyum ve konferanslar düzenlemektedir. İSAM özellikle İslâmî ilimler alanında bilimsel çalışmalarını yoğunlaştırarak sürdürmekte, Türk kültür hayatına ve Ortadoğu, Orta Asya, Balkanlar ve Kuzey Afrika’yı kapsayan çalışmalarıyla İslâmî araştırmalara katkıda bulunmaktadır.

          İSAM bir taraftan Türk ve İslâm dünyasının tarihî mirasını modern bilimsel yöntemlerle araştırarak günümüz insanın dikkatine sunmakta, diğer taraftan da müslüman coğrafyadaki dinî, sosyal, kültürel ve entelektüel değişim ve gelişmeleri izleyerek araştırmacı, bilim adamı ve yöneticiler için bilgi birikimi sağlamakta, nitelikli çalışmalar yürütmek amacıyla Türkiye içindeki ve dışındaki bilimsel ve akademik kurumlarla ilişkilerini sürdürmektedir.

          Oluşturduğu kütüphane, arşiv ve dokümantasyon birimiyle araştırmacılara büyük bir hizmet sunan İSAM, ayrıca yurt içinde ve dışında araştırmacı yetiştirmeyi ve ilmî araştırmalar yaptırmayı planlayıp uygulamaya koymuş, bu amaçla bugüne kadar değişik alanlar için pek çok eleman seçilmiş, bunlardan bir kısmı doktoralarını tamamlayıp İSAM'da (bazıları muhtelif üniversitelerde) araştırmacı olarak çalışmalarına başlamıştır.

İSAM’ın görev ve faaliyet alanları şunlardır:

• İlmî araştırmalar yapmak; özellikle İslâmî ilimler, din bilimleri, şarkiyat ve sosyal bilimlerin diğer alanlarında çalışmalarını yoğunlaştırarak telif, tercüme ve edisyon kritik vb. tarzında eserler hazırlamak, bunları yayımlamak,
• İslâm Ansiklopedisi’ni (DİA) ve benzeri ansiklopedileri hazırlayıp yayımlamak,
• İlgi alanına giren konularda programlı seminer çalışmaları düzenlemek,
• Ulusal ve uluslararası düzeyde ilmî toplantılar tertiplemek, düzenlenmiş olanlara temsilciler göndermek,
• Araştırmacı yetiştirmek, araştırmacıları desteklemek, bu maksatla gerekli programları hazırlayıp uygulamak,
• Türkiye Diyanet Vakfı (TDV) adına lisans üstü çalışma yaptırılacak bilim dallarını belirlemek, bu dallara tahsis edilen burslar için araştırmacı adaylarını seçmek, bunların çalışmalarını izlemek ve değerlendirmek,
• Araştırma kütüphanesi, dokümantasyon ve arşiv ünitesi kurup geliştirmek,
• Diyanet İşleri Başkanlığı'nın talep etmesi durumunda ilmî-dinî konularda kamuoyunu aydınlatacak görüşler hazırlamak,
• Kamu kurum ve kuruluşları ile özel kurum ve şahısların talebi halinde merkezin sorumluluk alanına giren konularda araştırmalar yaptırmak,
• Kamu sektörü, özel sektör, üçüncü sektör; özellikle Diyanet İşleri Başkanlığı ve yurt içi ve yurt dışındaki akademik kurumlarla iş birliği içinde araştırma, eğitim ve yayın projeleri hazırlamak ve yürütmek.