ولد الأستاذ الدكتور مرتضى بدر في سوشهري بسيواس عام 1968. تخرَّج في جامعة مرمرة، كلّيّة الإلهيّات عام 1992. حصل على درجة الماجستير عام 1996 من جامعة لندن، قسم الدراسات الشرقية والإفريقية (SOAS)، كلية الحقوق، كما حصل على درجة الدكتوراة من جامعة مانشستر، قسم دراسات الشرق الأوسط بكلية الآداب والعلوم، عن أطروحته بعنوان "التطور المبكر للنظرية القانونية الحنفية (أصول الفقه)"، عام 1999. حصل على رتبة الأستاذ المشارك في الفقه الإسلامي عام 2005، ورتبة الأستاذية عام 2011. واستمر في العمل كأستاذ مشارك في جامعة صقاريا حتى نهاية عام 2010

بدأ العمل كمعيد في كلّيّة الإلهيّات بجامعة صقاريا عام 1993. وفي عام 1994 سافر إلى المملكة المتحدة لإكمال دراساته العليا 1994-1999. بعد عودته عمل كعضو هيئة التدريس في كلّيّة الإلهيّات بجامعة صقاريا. ذهب إلى سوريا بغرض البحث العلمي 2002-2003. ذهب إلى كلية الحقوق بجامعة هارفارد كأستاذ زائر في العام الدراسي 2007-2008. بعد عمله كعضو هيئة تدريسية لسنوات طويلة في جامعة صقاريا انتقل لكلية الإلهيات بجامعة إستانبول عام 2011، وشغل منصب عميد الكلية بين الأعوام 2013-2020. عين ممثلاً لمجمع الفقه الدولي التابع لمنظمة المؤتمر الإسلامي في تركيا عام 2015. انتخب عضوًا في الهيئة العليا للشؤون الدينية لدى رئاسة الشؤون الدينية التركية 2015-2020. عمل رئيسًا لمعهد البحوث الإسلامية بجامعة إستانبول 2022-2023. انتخب عضوًا في مجلس التعليم العالي 2022. في عام 2023 تقاعد من جامعة إستانبول وانتقل لجامعة إستانبول 29 مايو لإكمال الفعاليات العلمية.

عين رئيسًا لمركز البحوث الإسلامية في 30 أيلول 2022، وما زال على رأس عمله منذ ذلك التاريخ.

الأبحاث العلمية والأكاديمية لمرتضى بدر هي في مجال الفقه وأصول الفقه، وتتركز بشكل خاص على الفقه الحنفي. له في هذا المجال العديد من الكتب والترجمات، بما في ذلك فصول في الكتب، ومقالات في المجلات المحلية والدولية، ومواد في الموسوعات.

من أبرز تأليفاته: "الفقه، المذهب، والسنة" (إستانبول 2004، 2017)، " السنة: طريق الإسلام" (إستانبول 2006، 2022)، "مدرسة الحقوق في بخارى" (إستانبول 2014، 2019)، "أبو حنيفة: سيرة ذاتية فكرية" (أنقرة 2018). كما له ترجمات مثل "من الشريعة إلى القانون: أبو السعود والقانون الإسلامي في الدولة العثمانية" (تأليف كولين إمبر، إستانبول 2004)، "منهجية تاريخ الإسلام: تطبيق تاريخ اجتماعي" بالاشتراك مع فؤاد آيدِن، تأليف: آر. ستيفن همفريز، إستانبول 2004)، "منهج الأصل: مقاربة تحديد عوائل النسخ في تحقيق المخطوطات" (تأليف بول ماس وآخرين، إستانبول 2011). قام أيضًا بتحرير مجموعة من الأعمال مثل: "علم الفقه في الدولة العثمانية" (تحرير: مرتضى بدر، نجم الدين قِزِلقايا، حسين صاغلام، إستانبول 2017)، و "التحول إلى الحداثة، البروتستانتية والسلفية" (تحرير: مرتضى بدر، نجم الدين قِزِلقايا، مروة أوزآيكال، إستانبول 2019)، و "الفقه والأخلاق البيولوجية" (تحرير: م. إحسان كهرمان، خاقان أرتين، مرتضى بدر).